ODEI dispone desde enero de 2001 de la Certificación ISO 9001, obteniendo la Certificación ISO 9001:2000 de su Sistema de Gestión de la Calidad otorgada por AENOR con el siguiente alcance:
ODEI está adoptando como marco de gestión de mejora continua el Modelo de Excelencia Empresarial Europeo EFQM. El 10-10-2005 obtuvo el Diploma de Compromiso con la con la Calidad Total/Excelencia de Euskalit el 10-10-2005, que fue renovado en el 2006.
El 26-11-2009 ODEI ha sido reconocida con la Q Plata a la Calidad de Gestión en 2009, en el marco del Premio Vasco a la Calidad de Gestión 2009 otorgado por el Gobierno vasco a través de la Evaluación externa realizada por el Club de Evaluadores de Euskalit Fundación Vasca para la Excelencia.
Desde 01-06-2007, los Procesos de desarrollo de software de ODEI están certificados con el nivel de Madurez 2 en el Modelo de mejora de procesos software CMMI, mediante evaluación de clase A Level 2 de acuerdo al método SCAMPI (Standard CMMI Appraisal Method for Process Improvement) avalada por el ESI (European software Institute).